ぶろ〜ぐ(仮称

2009/5/5追記
こちらの方法で変更してください。
http://www.kotodama.jp/blog/index.php/2009/05/05/ubuntu-gmrun-terminal-2

ことだまんです。
gmrunのctrl+enterで起動する端末がxtermになっていて具合が悪かったので削除。

$sudo apt-get remove --purge ubuntu-desktop xterm

で面倒なのでgnome-terminalを/usr/bin/xtermにシンボリックリンクを張って終わり。

$sudo ln -s /usr/bin/gnome-terminal /usr/bin/xterm

BADノウハウでした。